La Real Congregación de San Fermín de los Navarros es una cofradía fundada por navarros residentes en Madrid en torno a la devoción a San Fermín. Surgió de reuniones anuales cada 7 de julio y fue fundada oficialmente en 1683, con constituciones aprobadas en 1684. Tras varias sedes provisionales, decidió construir una iglesia propia en 1746 en el paseo del Prado, que fue demolida en 1885 por las obras del Banco de España. Finalmente, la congregación trasladó su iglesia a unos terrenos del paseo del Cisne, hoy paseo de Eduardo Dato.

Las obras se iniciaron en 1886 siendo aprobado el proyecto de los arquitectos Carlos Velasco Peinado y Eugenio Jiménez Corera y se procedió a la inauguración del templo el 6 de julio de 1890, con la asistencia de la infanta Isabel.​ Construida en ladrillo visto, con una alta torre a los pies. La disposición ajedrezada de los ladrillos, a imitación del paño de sebka, permite realizar diversos dibujos a lo largo de la fachada. La entrada se realiza por un portal de piedra labrada, imitando las formas góticas.

La iglesia se sitúa en el centro del solar, dejándose a ambos lados zonas ajardinadas que dan paso a los pabellones laterales. El exterior del templo se encuentra en la línea del mudéjar toledano, arquitectura de ladrillo de rápida construcción y bajo coste que fue proliferando en Madrid a medida que la ciudad se ensanchaba, pudiéndose incluso considerarse el neomudéjar un estilo típicamente madrileño.

La fábrica está realizada con combinación de ladrillo y mampostería de pedernal, apareciendo mezclado en la zona alta ladrillos ordinarios con otros esmaltados en verde y blanco, tan característicos de este tipo de arquitectura. La fachada principal, con los escudos de Navarra y de España, alberga la imagen de San Fermín, obra de Fructuoso Orduña de 1958 copiando el original del escultor Francisco Font y Pons.